所谓的三藩就是镇守云南，贵州的平西王吴三桂;镇守广东的平南王尚可喜;镇守福建的靖南王耿精忠。自1644年吴三桂引清兵入关后，一路充当镇压农民起义的急先锋，最后兵占云南，擒杀桂王，因功劳受封为平西王，镇守云贵两省，明朝降将耿仲明，尚可喜，也为清朝建立立下汗马功劳，受封为王，他们佣兵自重，各霸一方，不受清朝政府控制，逐渐形成了割据势力，三藩的存在使清朝财政陷入的危机，已形成尾大不掉之势，严重的威胁清朝的统治。
康熙在清除鳌拜之后，更是把三藩割据势力视为心腹大患，他密切关注事态的发展，积极寻求解决三藩的有利时期。
机会终于来了，1673年3月康熙十二年，这年尚可喜上奏说自己年事已高，请求会辽东老家养老，并请清朝政府恩准他儿子尚之信袭平南王爵位，仍留广东，康熙回复撤销尚氏的藩封，遣返辽东，撤藩令下，吴三桂，耿精忠也分别请撤藩，目的是试探清朝政府对他们的态度。康熙则力排众议，决定吴耿二藩同时撤去。
这消息传到云南吴三桂立即作出反应，杀死云南巡抚朱国治，自称天下都招讨兵马大元帅，令全军蓄发，发布檄文，声称兴明讨胡虏，公开叛变清朝政府。随后耿精忠，尚之信也公开叛变朝政府。
面对三藩的嚣张气焰，年轻的康熙皇帝表现出他的雄才大略，认为主要叛乱者是吴三桂，对他必须坚决打击，绝不议和，而对其他两位藩王则大开招抚之门，只要肯降，既往不咎。最终经过8年波及十余省的三藩之乱平定了，结束了南方分裂混乱的局面，巩固了清朝政府的统治。
