明太祖朱元璋十分重视修史工作，他即位的当年，即元朝灭亡的当年，1368年，便下诏编修《元史》。
洪武二年(1369)二月丙寅(初一)，在南京的天界寺(今南京朝天宫东)正式开局编写，以左丞相李善长为监修，宋濂、王袆为总裁，征来山林隐逸之士汪克宽、胡翰、赵埙等十六人参加纂修。明朝初年的著名文学家宋濂是主要负责人。这次编写至秋八月癸酉(十一日)结束，仅用了188 天的时间，便修成了除元顺帝一朝以外的本纪37卷，志53卷，表6卷，传63卷，共159卷。这次修史，以大将徐达从元大都缴获的元十三朝实录和元代修的典章制度史《经世大典》为基础。
由于编纂的时间太仓促，缺乏顺帝时代的资料，全书没有完成，于是派欧阳佑等人到全国各地调集顺帝一朝资料，于洪武三年二月六日重开史局，仍命宋濂、王祎为总裁，率领赵埙，朱右、贝琼等15人继续纂修，经过143天，七月初一书成，增编顺帝纪10卷，增补元统以后的《五行》、《河渠》、《祭祀》、《百官》、《食货志》各1卷，三公和宰相表的下卷，《列传》36卷，共计53卷。然后合前后二书，按本纪、志、表、列传厘分后，共成210卷，也就是现在的卷数。两次纂修，历时仅331天。
