孙士毅在镇南关，收容逃回的官兵，不到清军总额的一半，大量的粮械火药丢失殆尽。从云南开化厅马白关出兵，侵入安南宣化镇的乌大经部，遭到农民起义军反击后，也仓慌逃回国内。
安南之役以清朝的失败而告终。它没有实现清朝预期的战略目标“为黎氏复国，消灭阮氏集团。”
安南之役败北，大批清朝将士殒命安南。乾隆皇帝令败将孙士毅解任回京，调福康安补授两广总督，相机办理安南事宜。
“安南之役”两国交兵，使清前期的清安关系蒙上了一层阴影。但它并未长久的影响清安关系的正常发展。随着两国政策的逐步调整，很快就驱除了战争的阴霾，迎来了两国关系发展的灿烂前景。乾隆皇帝决计不再调兵进剿安南。福康安也与乾隆皇帝的想法相吻合。
